Михаил Шиленков родился 8 сентября 1977 года. В 2001 году окончил Московскую государственную консерваторию имени.И. Чайковского (класс профессора В.С. Попова). Еще в студенческие годы начал играть в различных московских оркестрах. В 2003 году стал солистом Государственного академического Большого симфонического оркестра имени.И.Чайковского, где работал более 20 лет.
Будучи одним из немногих в России исполнителей на барочном фаготе, Михаил Шиленков сотрудничал с оркестром исторических инструментов Pratum Integrum, ансамблями The Pocket Symphony, La Villa Barocca, La Stravaganza и другими. Был одним из основателей ансамбля старинных духовых инструментов «L’esprit du Vent».